Название «Черниковск» произошло от крупной станции Черниковка, а сама станция названа по деревне.
В 1609 году по государственному Указу и по приказу воеводы М.В.Годунова за сибирскую службу дали поля близ реки Шугуровка. С.Аничкову в собственность. Так началось освоение «дикого поля» на окраине строящегося города-крепости Уфы. Поселенные русские крестьяне занимались земледелием. Селениям присваиваются имена их владельцев: Черниковка, Каловка, Аничково, Бонье и т.д.
Черниковка принадлежала капитану Ивану Черникову, удостоившемуся земельных наделов за верную царскую службу. По другой версии название восходит к селению Черниково (конец 16 века), названному так в честь помощника воеводы Михаила Нагого, уроженца Нижнего Новгорода, получившего здесь поместье.
Это имение было основано в конце XVI века, когда в наших краях появился «боярский сын» Иван Черников-Онучин.
Черниковка стоит на земле бывшей небольшой деревни, но следов от нее не осталось никаких.