В XVII веке в Уфимской крепости насчитывалось 1000-2000 жителей, в начале XVIII в. почти 6000. Дворы, как правило, были обширными, на некоторых разведены яблоневые сады, но большинство домов, даже на дворянских усадьбах топились ещё по чёрному. Практически до конца XVIII века, на расстоянии 10 верст город был окружен так называемой «засекой» – лесами, которые были частью оборонительных укреплений и считались заповедными. В них запрещалось рубить деревья, прокладывать новые дороги и даже тропы. Близость большого лесного массива, несомненно, создавала хорошие условия для жизни горожан, но случались и происшествия. Так в 1738 году «в ноябре месяце бешеный волк, взойдя в город Уфу, и 31-го человека загрыз, отчего оные взбесившись и временами все померли, и волк от наряда полицейского убит».
В конце XVIII – начале XIX века в Уфе появилась, по всей видимости, первая серьезная экологическая проблема. Ею стал навоз, который скапливался во дворах, на улицах, сваливался в овраги. Уфимский чиновник М.С. Ребелинский каждую весну заносил в свой дневник записи как, например, 9 марта 1803 года «На улицах сделались лужи и весьма много навозу». Кроме грязи, порчи воды и зловония, это способствовало эпидемиям среди скота, от которого заражались и люди. Проблему удалось отчасти решить, но, весьма радикальным способом. Летом 1821 года начался сильный падеж скота, и для борьбы с ним губернатор М.А. Наврозов приказал поджечь горы скопившегося навоза, от него огонь перекинулся на строения и начался катастрофический пожар, в котором сгорел не только навоз, но и больше половины города.
В XIX население Уфы продолжало увеличиваться. В 1881 году Уфа, с ее 25 300 жителями, была вторым по населению после Перми, городом Камского бассейна. А после строительства в 1888 г. железной дороги население начало увеличиваться столь стремительно, что уже к началу 1910-х годов достигло 100 000 человек.
В XIX – начале XX вв., в Уфе было много садов и зелени, в 1860-х появились парки, город окружала прекрасная природа и городская среда являлась достаточно благополучной. Главной коммунальной проблемой была жидкая грязь, а летом пыль на немощеных улицах. Впрочем, от этого страдали не только большинство провинциальных, но даже и столичные города. В Уфе городские власти благоустраивали улицы, но делалось это не так быстро, из-за значительной стоимости и большой трудоемкости при мощении улиц булыжником. Процесс пошел значительно быстрее в самом начале XX века с появлением асфальта. В 1870 году в Российской империи было введено «Городовое положение», согласно которому городским властям были даны более широкие права для осуществления мероприятий по благоустройству. Если почитать журналы заседания Уфимской городской думы, различные вопросы, такие вывоз и утилизация нечистот, санитарный надзор, сооружение центрального водопровода и др. были постоянными в обсуждениях, и в принятых постановлениях. Так для поддержания частоты на улицах и усадьбах были разработаны и утверждены, различные правила, оборудованы места, разработана система штрафов за нарушения. Даже снег должен был вывозиться только в определенные места. В 1903 году было принято постановление, в какие городские овраги можно было вывозить снег. «Свалка снега не загрязненного отбросами, навозом и нечистотами дозволяется: в северной части города, на выгоне позади конюшен Государственного коннозаводства [за современным Центральным рынком] и у озера за Иоанно-Предтеченским кладбищем [озеро в парке Якутова]; в южной части – в овраг, разделяющий Труниловскую и Архиерейскую слободу и в Черкалихин овраг; в восточной части на выгоне за Старой Уфой, и в западной на выгоне за Нижегородской слободой, вблизи железнодорожного моста. Во всех прочих оврагах и на площадях свалка снега воспрещается. Все отведенные под свалку снега места обозначены особыми, прикрепленными к столбам надписями».
Если проблему поддержания частоты решалась довольно успешно, то все более ощутимой становилась необходимость в канализации. В городе было несколько ассенизационных обозов, которые в бочках вывозили содержимое уличных туалетов (их владельцы получали от городской думы ссуды). В особняках состоятельных уфимцев, в гостиницах и 2-3 этажных доходных домах уже были ванны, туалеты и локальная канализация, оборудованная осадочными колодцами, но этого уже было явно недостаточно. Горожане и приезжие жаловались на запахи из выгребных ям, витающие даже в центральных кварталах. Если водопровод и электричество появились в Уфе уже на рубеже XIX и XX веков, то центральная канализация только в 1939 году.
Больших промышленных предприятий, наносивших ощутимый вред экологии в Уфе ещё не было. Самые богатые уфимские купцы были «сырьевиками» и делали состояния на поставках зернопродуктов и леса. Наиболее вредными производствам были небольшие кожевенные и мыловаренные заводики (в основном они располагались в Нижегородке) и скотобойни.
В 1897 году в Уфе было 16 частных скотобоен и салотопен, это были деревянные сараи, располагавшиеся на вершине Черкалихина оврага (ныне здесь находится Уфимский амфитеатр). Городской ветеринарный врач писал о царившей там вопиющей антисанитарии «остатки от убоя сваливались в овраг при самих бойнях… полы и стены боен, пропитанные разложившеюся кровью и покрытые кусками вонючего сала, скудно промывались и то лишь после многократного требования ветеринарно-полицейской власти… Отвратительное зловоние давало себя чувствовать на значительном расстоянии».
С 1898 года начала работать городская скотобойня, построенная на средства Городской думы. Находилась она в нижней части улицы Златоустовской, между Софроновской пристанью и современным Затонским мостом. На ней созданы приемлемые санитарные условия, и обеспечивался постоянный ветеринарный надзор. Частные были закрыты.В этом же районе под горой было оборудовано «Скотское кладбище». Владелец павшего животного мог позвонить или прийти на скотобойню, откуда присылался специальный фургон. Эта услуга, а также обязательное ветеринарное вскрытие и погребение являлись бесплатными. В 1901 году было погребено более 250 голов различного скота, и 56 собак. Здесь же находилась «собачня» с клетками. Хотя в начале XX века в Уфе начала действовать Пастеровская станция, где делались прививки, бешенство оставалось очень серьезной проблемой. Специальная служба три раза в неделю проводила в городе отлов бродячих собак. В собачной их содержали 4 дня, тех за кем не пришли хозяева умершвляли. В 1910-х гг. контроль за этой деятельностью стало осуществлять «Уфимское общество покровительства животным».
Особенно в начале XX века за городскими непорядками очень внимательно следила местная пресса, репортеры которой, кажется не оставляли без внимания ни одного нарушения, и в разделе местной хроники появлялись подобного рода сообщения.
Газета «Уфимский край», 24 июля 1909 года.«Вниманию санитарного надзора. На Аксаковской улице напротив тюрьмы на дороге лежит белая дохлая кошка следовало бы убрать».
«Уфимский край», 25 июля 1909.«Пожелаем больше внимания санитарному надзору, упускающему такие беспорядки, как устройства ватерклазета и помойки у самой улицы, нечистоты протекают по улице, распространяется аромат на далекое расстояние. Прелести это находимые по Церковной улице у дома № 37».
«Уфимский край», 6 августа 1909.«По Достоевской улице, из бани бывшей Якушова, на дорогу вытекает грязная вода, распространяющая сильное зловоние. Пора бы обратить на это внимание».